RE PASO

Apuntes

RNA - seq – SECUENCIACIÓN DE ARN T ranscriptoma Conjunto de genes/transcritos expresados en un momento dado y en una condición determinada, en un conjunto de células. ¿Qué analiza RNA - seq? • Niveles de expresión génica • Variantes de splicing • SNVs en genes altamente expresados • Genes de fusión • Vías funcionales activadas Tipos de ARN: Tipo Función ARNm Codifica proteínas (tiene codón) ARNt Transporta aminoácidos (tiene anticodón) ARNr Componente ribosomal, muy abundante , se suele eliminar miRNA Regula expresión postranscripcional, reprime traducción o induce degradación piRNA Regula transposones y desarrollo germinal lncRNA Regulan transcripción local o distal snoRNA Modifica rRNA snRNA Forma parte del spliceosoma eRNA Activa la transcripción desde enhancers Etapas de RNA - seq: 1. Extracción de ARN 2. Enriquecimiento o depleción : o ARNm: unión a poli - A o ARNr: hibridación y eliminación o ARN pequeños: separación por tamaño 3. Retrotranscripción (porque la mayoría de plataformas leen ADN, no ARN) 4. Preparación de librería con adaptadores 5. Secuenciación 6. Alineamiento a genoma de referencia 7. Conteo de l...